Początek jest bardzo klasyczny. Bohatera poznajemy w momencie, gdy odkrywa, że ze światem dzieje się coś dziwnego. Próbując stanąć w obronie zaatakowanej koleżanki wchodzi w tzw. Eclipse, który należy rozumieć jako typowy dungeon z japońskich gier RPG. Chwilę potem już wiemy, że Kou Tokisaka będzie protagonistą, który od bohaterów 3, 4 i 5 części Persony różni się kompletnie niczym.
Historia tu przedstawiona do odkrywczych nie należy. Rozdział po rozdziale obserwujemy Kou, który zagłębia się w świat Eclipse w bardzo klasycznym stylu, czyli ratując zaatakowanych jednocześnie buduje drużynę. Z czasem mamy do dyspozycji aż dziewięć postaci, którymi możemy przechodzić kolejne lochy, jak i wracać do tych już odwiedzonych.
